對網頁彈出窗口，如WIKI所述，若要保持腳本運行穩定，必須在waitForPopUp這個彈出窗口之后緊跟運行selectWindow命令選中這個彈出窗口(示例)，如果仍不穩定請參考這個示例。這里介紹了chooseCancelOnNextConfirmation、chooseOkOnNextConfirmation等JavaScript腳本實現的彈出窗口處理函數，selenium會彈出網頁窗口，因為它重寫了window.open在文件selenium-browserbot.js函數BrowserBot.prototype.modifyWindowToRecordPopUpDialogs中的newOpen，但這必須在window.onload之后創建才有效。對于HTTPS安全性彈出窗口證書的處理，見Selenium RC。
對非網頁彈出窗口，如window.alert，window.confirm，window.prompt，window. showModalDialog等，有如下方法：
1.封裝Windows Api，對Java語言則有Java Native Interface (JNI)或者J/Invoke(示例)。
2.Selenium RC中開啟proxy injection(PI)模式也可以識別，這種模式提供了一個HTTP代理在瀏覽器之前自動更改所有接收到的HTML。window.alert， window.confirm，window.prompt在文件selenium-browserbot.js函數BrowserBot.prototype.modifyWindowToRecordPopUpDialogs中被覆寫。
3.這里用window.open覆寫了window. showModalDialog，同樣實現的還有在文件selenium-browserbot.js函數BrowserBot.prototype._modifyWindow實現開始部分添加對ModalDialog的實現。
